Fakulti Sains dan Teknologi (FST) telah ditubuhkan pada 1 Disember 2003 dalam usaha untuk menghasilkan pakar sains dan teknologi di dalam pelbagai bidang yang kritikal, dengan objektif untuk menjadikan Malaysia sebagai sebuah Negara Islam yang membangun dan progresif. Oleh itu, FST menyediakan peluang untuk pelajar-pelajar SPM (O’ Level) daripada Sekolah Aliran Agama dan Pusat Pra-Universiti untuk menyambung pengajian mereka di dalam bidang sains dan teknologi serta fardu ain. Peluang ini mengarah kepada anjakan paradigma di kalangan umat Islam di Malaysia. Ini menunjukkan bahawa kemasukan anak-anak ke Sekolah Aliran Agama tidak menyekat mereka daripada mengikuti kursus lain selain daripada kursus agama.